Yargıtay’ın davayı bozma ilanının ardından Ergenekon davasında yeniden yargılama için görevlendirilen İstanbul 4’üncü Ağır Ceza Mahkemesi, “sanıkların üzerine atılı suçun hükümete karşı olması ve hükümetin de Ankara’da bulunmasını” gerekçe göstererek yetkisizlikle dosyayı Ankara Ağır Ceza Mahkemesi’ne gönderdi. Yargıtay 16'ıncı Ceza Dairesi'nin 21 Nisan 2016 tarihinde bozulmasına karar verdiği Ergenekon davasına bakmakla görevlendirilen İstanbul 4'üncü Ağır Ceza Mahkemesi, duruşma savcısı Sayit Kunt'tan dosyadaki görev ve yetki yönünden mütalaa vermesini istemişti. Savcı Kunt, talep üzerine sunduğu mütalaasında, dosyada yetki ve görevin Ankara'da olduğunu belirtmişti. Savcı Kunt mütalaasında, suçların Ankara'da bulunan ve silahlı kuvvetler personelince işlediğinin iddia olduğu belirtilerek “Mahkememizin yetkisizliğine, dosyanın yetkili ve görevli Ankara'da bulunan, örgütlü suçlara bakmakla görevli Ağır Ceza Mahkemesi'ne gönderilmesine karar verilmesi talep olunur” ifadelerine yer verilmişti. Dosya üzerinde görev ve yetki yönünden kararını açıklayan mahkeme dosyanın Ankara'ya gönderilmesini kararlaştırdı. Mahkeme kararının gerekçesinde sanıklara yüklenen eylemlerin çoğunun işlendiği yerin Ankara olduğuna dikkat çekti. İstanbul 4'üncü Ağır Ceza Mahkemesi'nin kararında, “Sanıklara yüklenen suçun ‘Türkiye Cumhuriyeti Hükümetini ortadan kaldırmaya teşebbüs' olması', suçun mağduru olan hükümetin Ankara'da bulunması, TSK Genelkurmayı'nın Başkanı ve Genelkurmay Karargahı'nda görevli subayların sanık olmaları, sanıkların görevli oldukları Genelkurmay Karargahı'nın Ankara'da bulunması, yine Ankara'da Danıştay üyelerine yönelik ‘Nitelikli kasten öldürme ve öldürmeye teşebbüs' suçlarıyla ‘Anayasayı ihlal' ve diğer bazı suçların işlendiği iddiasıyla yapılan yargılamada yüklenen eylemlerin çoğunun işlendiği yerin Ankara olması, CMK 12 ve devamı maddelerindeki sıralı yetki kurallarına göre yetkide ağırlık merkezinin Ankara olması hususları bir arada değerlendirilerek mahkememizin yetkisiz olduğu Ankara Ağır Ceza Mahkemesi'nin yetkili ve görevli olduğu sonucuna varılarak yetkisizlik kararı verilmiştir” denildi. İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi, 74 sanıklı Ergenekon Davası'nı 5 Ağustos 2013'te karara bağlayarak, Emekli Tuğgeneral Veli Küçük'ü 2 kez ağırlaştırılmış müebbet ve 99 yıl hapis, Tuncay Özkan'ı “Darbeye teşebbüs suçundan” ağırlaştırılmış müebbet ve diğer suçlardan 22 yıl 6 ay, eski Genelkurmay Başkanı İlker Başbuğ'u müebbet, Vatan Partisi Genel Başkanı Doğu Perinçek'i ağırlaştırılmış müebbet hapis cezasına çarptırmıştı. Mahkeme, Emekli Orgeneral Hurşit Tolon'u müebbet, Danıştay saldırısının faili Alpaslan Arslan'ı 2 kez ağırlaştırılmış müebbet, avukat Kemal Kerinçsiz'i ağırlaştırılmış müebbet,Mehmet Haberal'ı 12 yıl 6 ay, Mustafa Balbay'ı 34 yıl 8 ay, Sinan Aygün13 yıl 6 ay hapis cezası ile cezalandırmıştı. Davanın temyiz incelemesini yapan Yargıtay 16. Ceza Dairesi, yerel mahkemenin kararını bozarak, eski Genelkurmay Başkanı emekli Orgeneral İlker Başbuğ'un Yüce Divan'da yargılanması gerektiği yönündeki itirazını haklı bulduğunu ve bunu bozma nedeni saydığını bildirmişti. Yargıtay, Danıştay saldırısı davası ile Ergenekon davası arasındaki hukuki ve fiili irtibatın somut delillerle gösterilememesini ve “Ergenekon terör örgütünün” varlığına ilişkin somut delil ortaya konulamamasını bozma gerekçesi yapmıştı.