Boynukalın imam olarak atandığı günden bu yana yaptığı açıklamalarla tepki çekmişti. Son dönemde bazı AKP'li yöneticilerle de polemiğe girdiği için uyarılan Boynukalın görevden alındı.
Boynukalın, istifa haberinin basında yer almasının ardından yaptığı açıklamada, emekli amirallerin Montrö bildirisinin ardından 'Ayasofya İmamı konuşuyor da biz niye konuşmayalım' şeklinde yorumlar yapıldığını belirterek, 'hezeyanlara meydan vermemek' için üniversiteye dönme kararı aldığını söyledi.